آیت ا... سیدمصطفی خمینی از بدو شروع نهضت اسلامی همراه حضرت امام خمینی (ره) بود. ایشان اول بار در سال 1342 و پس از شروع نهضت دستگیر شد و پس از مدتی حبس، به ترکیه تبعید شد. پس از تغییر تبعیدگاه حضرت امام خمینی، ایشان نیز در سال 1344 از ترکیه به عراق رفت و در شهر نجف ساکن شد. آیتا... سیدمصطفی خمینی حدود 13 سال در حوزه علمیه نجف اشرف به تدریس و تألیف و تربیت طلاب علوم دینی مشغول بود و در کنار فعالیتهای علمی خود با انقلابیون مسلمان مرتبط بود و گاه تدارک آنان از ناحیه ایشان صورت میگرفت. روحیه انقلابی وی، مشوق بسیاری از مبارزان برای فراگیری فنون نظامی و چریکی بود. بیشتر این فعالیت ها نمیتوانست از نظر جاسوسان رژیم شاه به دور باشد. هر چند خاطرات به جای مانده از آن زمان نیز دلالت بر شهادت ایشان دارد. حجتالاسلام سید محمود دعایی دربارة آن روز میگوید: «متأسفانه در بیمارستان، پزشک کشیک پس از معاینات اولیه تشخیص داد ایشان از دنیا رفتهاند. با علائمی که روی پوست بدن وجود داشت مشخص بود که مرگ طبیعی نبوده و ناشی از یک مسمومیت است.»
مرگ غیرمنتظره آیتا... سید مصطفی خمینی در حالی که هیچگونه بیماری قبلی نداشت با شروع فعالیتهای سیاسی جدید امام در نجف از نظر همه یاران و شاگردان امام نمیتوانست بدون ارتباط باشد. دلیل آنان این بود که حاجآقا مصطفی از شروع نهضت در سال 1341 در کنار امام (ره) قرار داشت، دست راست ایشان محسوب میشد و یک چهره انقلابی بود که با روحانیون، روشنفکران، دانشجویان مسلمان و مبارز داخل و خارج کشور ارتباط داشت. از این رو ساواک با به شهادت رساندن وی کوشید یک مخالف جدی را از سر راه رژیم برداشته و امام را تنها بگذارد.
پیکر آیتا... مصطفی خمینی را ساعت 10 صبح از نجف به کربلا بردند و در آب فرات غسل دادند و پس از تشییع با شکوهی در ایوان طلای مرقد حضرت امیر(ع) دفن شد. نقل است که حضرت امام پس از شهادت وی به همسر بزرگوارشان فرمودند: «امانتی خداوند متعال به ما داده بود و اینک از ما گرفت. من صبر میکنم، شما هم صبر کنید و صبرتان هم برای خدا باشد.»
فردای شهادت آیتا... مصطفی خمینی حوزههای علمیه نجف در عراق، قم و تهران تعطیل شد و علمای طراز اول ایران با برگزاری مجالس ختم، یاد و نام این روحانی مبارز را گرامی داشتند. گستره این مجالس در سراسر کشور به نحوی بود که میتوان گفت فضای سیاسی کشور در این برهه از زمان تحت تأثیر مستقیم این حادثه و بیشترین دل مشغولی نیروهای امنیتی و انتظامی رژیم شاه متوجه این امر بوده است.
در این میان اتفاق مهم در قم رخ داد در مراسمی که به مناسبت چهلمین روز درگذشت حاج مصطفی در قم و برپا گردید، عده کثیری از طبقات مختلف مردم شهر قم و عدهای از دانشجویان متعصب مذهبی مراکز عالی آموزشی شرکت کردند که بعد از پایان این مراسم تظاهراتی از طرف عدهای از شرکتکنندگان در مجلس مذکور و خیابانهای شهر قم انجام گرفت و شیشههای شعب بانکها در این شهر توسط اخلالگران شکسته شد. اخلالگران حتی قصد اشغال مدرسه فیضیه را که بعد از تظاهرات اخلالگرانه طلاب علوم دینی در سال 1354تعطیل شده بود داشتند. در این مجلس قطعنامهای در 13 ماده نیز قرائت و طی آن بازگشت امام خمینی به ایران درخواست شده بود.
در توصیف این فضا مصاحبهگر جریده لوموند که گفت و گویش با حضرت امام خمینی انعکاس وسیعی در سال 1356 در جهان داشت، قبل از آغاز مصاحبهاش در مقدمهای مینویسد: «وی [امام خمینی] از سال 1965 به بعد یعنی پس از طی یک دوران تبعید در ترکیه، در نجف بسر میبرد و مرگ (یا قتل) پسرش دلیلی برای شورشهای متوالی شده است که هر چهل روز یک بار ایران را به لرزه در میآورد.
